新鲜周期移植后，胚胎学家会将剩余的胚胎进行优选并冷冻，目的是为患者提供尽可能多的移植机会，保证胚胎被充分利用。部分患者由于存在过度刺激的风险或子宫内膜容受性不佳，新鲜周期不适宜移植，那么就需要进行全胚冷冻。
冷冻后的胚胎被保存于液氮中，在零下196℃的环境里，胚胎的生命活动几乎静止，理论上能够存放百年之久，并且冻存时间长短不会影响胚胎质量。但胚胎冷冻技术自出现至今只经过了大约20年，因此保存时间最长的冻胚胎距今也只有20年左右。解冻后，绝大部分胚胎能够恢复冷冻前的状态并重新开始活跃的生命活动。
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目前最常使用的冷冻方法是玻璃化冷冻。玻璃化冷冻，顾名思义，就是让细胞形成类似“玻璃”的结构，原理是以高浓度冷冻保护剂置换水分子，令细胞质黏度升高。这样做的好处是在快速降温与复温过程减少了细胞中冰晶的形成，避免了冷冻和解冻过程中的机械损伤。胚胎玻璃化冷冻、解冻试剂配方和冷冻方法都日臻完善，解冻移植的妊娠率及畸形率也与新鲜周期没有差别，因此玻璃化冷冻已被各大中心广泛应用于保存胚胎。
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